O INCT-PPED é composto por três linhas de pesquisa:
A Linha 1, Capacidades Estatais, Políticas Públicas e a Dimensão Institucional.
A Linha 2 – Políticas de inovação, fronteiras tecnológicas e coalizões de interesse: a dinâmica da agricultura em perspectiva comparada.
E a Linha 3: Governança de Bens Comuns e Serviços Ecosistêmicos na Economia Sustentável – a questão da governança e da sustentabilidade ambiental.
O INCT está conformado por diversos programas de pós-graduação: Programa de Pós-Graduação de Políticas Públicas, Estratégias e Desenvolvimento (PPED, do Instituto de Economia, da Universidade Federal do Rio de Janeiro; Programa de Pós- Graduação em Políticas Públicas, Estratégias e Desenvolvimento (PPED/IE/UFRJ); Programa de Pós-Graduação de Ciências Sociais em Agricultura, Sociedade e Desenvolvimento (CPDA/UFRRJ); Programa de Pós-Graduação em Ciência Política (PPGCP/UFF); Instituto de Economia (IE/Unicamp); Departamento de Política Científica e Tecnológica (DPCT/Instituto de Geo-Ciências/ UNICAMP); Programa de Pós-graduação em Políticas Públicas e Desenvolvimento (PPGPPD/UNILA) e Colégio Brasileiro de Altos Estudos (CBAE/UFRJ).